Ajouter un contenu interactif, comme des scripts ou des exécutables, dans les répertoires de documents votre serveur web, est parfois considéré comme une pratique non-sécurisée. Si, à cause d'une erreur de configuration, le script n'est pas exécuté mais affiché comme une page HTML classique, il peut en résulter une fuite de propriété intellectuelle ou d'informations liées à la sécurité, comme, typiquement, des mots de passe. En conséquence, un bon nombre d'administrateurs préfèrent mettre en place un répertoire spécial pour les scripts, qui soit uniquement accessible par le biais du binaire CGI de PHP, ce qui signifie que tous les fichiers de ce répertoire seront interprétés et jamais affichés tels quels.
De plus, si vous ne pouvez pas utiliser la méthode qui permet de s'assurer que les requêtes ne sont pas redirigées, comme présentée ci-dessus, il est nécessaire de mettre en place un répertoire de scripts "doc_root" différent du répertoire "document root" de votre serveur web.
     Pour indiquer la racine des scripts PHP, vous pouvez utiliser la directive
     doc_root dans le
     fichier de configuration,
     ou vous pouvez affecter la variable d'environnement
     PHP_DOCUMENT_ROOT. Si cette information
     est renseignée, le binaire CGI de PHP construira
     toujours le nom de fichier à ouvrir avec doc_root
     et le "path information" de la requête, et vous serez donc sûr
     qu'aucun script ne sera exécuté en dehors du répertoire
     prédéfini (à l'exception du répertoire
     désigné par la directive user_dir -
     voir ci-dessous).
    
     Une autre option possible ici est la directive
     user_dir. Lorsque cette directive n'est pas
     spécifiée, seuls les fichiers contenus dans le répertoire
     doc_root peuvent être ouverts.
     Ouvrir un fichier possédant l'url
     http://my.host/~user/doc.php ne correspondra
     pas à l'ouverture d'un fichier sous le répertoire racine de
     l'utilisateur, mais à l'ouverture du fichier
     ~user/doc.php sous le répertoire
     "doc_root" (oui, un nom de répertoire commençant par un tilde
     [~]).
    
Si la directive "user_dir" est activée, par exemple à la valeur public_php, une requête du type http://my.host/~user/doc.php ouvrira un fichier appelé doc.php dans le répertoire appelé public_php sous le répertoire racine de l'utilisateur. Si le répertoire racine de l'utilisateur est /home/user, le fichier exécuté sera /home/user/public_php/doc.php.
     user_dir et doc_root sont
     deux directives totalement indépendantes, et vous pouvez donc
     contrôler l'accès au répertoire "document root"
     séparément des répertoires "user directory".